Lanetli kılıç Benizakura’nın aslında yapay zeka ve askeri teknolojiyle donatılmış, sahibinin bedenini ele geçiren biyolojik bir silah olduğu ortaya çıktığında operasyonun rengi tamamen değişir. Bu ölümcül silahı üreten kör demirci ve onun hırslı kız kardeşi, silahı Gintoki’nin eski düşmanı Shinsuke Takasugi liderliğindeki radikal bir terör örgütüne satmıştır. Takasugi, Amanto hükümetini ve mevcut Edo düzenini kanlı bir savaşa sürükleyerek dünyayı yok etmeyi amaçlayan acımasız bir samuray lideridir. Gintoki, hem eski dostlarının mirasını korumak hem de bu küresel tehdidi bertaraf etmek için resmi yasaların dışına çıkarak amansız bir mücadele başlatır.