İsyanın arkasındaki asıl beynin, devrimci terör örgütü lideri Shinsuke Takasugi ve onun acımasız kılıç ustası Bansai Kawakami olduğu ortaya çıktığında operasyonun rengi tamamen değişir. Bansai, müzik tellerini ölümcül birer silaha dönüştüren ve Gintoki’nin askeri dehasıyla aşık atabilecek zekada tekinsiz bir suç barondur. Teröristler, Shinsengumi komutanı Kondo'yu taşıyan treni sabote ederek hem polisi hem de mevcut Edo düzenini kanlı bir savaşa sürüklemeyi amaçlar. Gintoki, hem eski dostlarının mirasını korumak hem de bu siber-askeri tehdidi bertaraf etmek için yasadışı bir kurtarma operasyonu başlatır.